El tercer ciclo, que confiere el grado académico de Doctor, tiene como finalidad que el doctorando alcance y manifieste una madurez intelectual, sobre todo a través de la elaboración de la tesis doctoral, que deberá aportar una contribución positiva al progreso científico de la propia especialidad.
Los grados académicos que se confieren en las facultades eclesiásticas del Ateneo Sant Pacià siguen la nomenclatura de bachillerato, licenciatura y doctorado. Son títulos eclesiásticos con un nivel académico equivalente a los estudios universitarios de grado, máster y doctorado, que cuentan con reconocimiento civil oficial en todo el Espacio Europeo de Educación Superior.
Doctorado
Los estudios de tercer ciclo, después de la licenciatura especializada y durante un período de tiempo de al menos dos años, buscan perfeccionar la formación científica del doctorando. Concluye con el grado académico del doctorado y requiere de un trabajo de investigación: la tesis doctoral. Este trabajo, de un valor metodológico, deberá contribuir efectivamente al progreso científico en la propia especialidad y deberá ser elaborada bajo la guía de un profesor, discutida públicamente, aprobada colegialmente y publicada al menos en su parte principal.